Gần đây, việc Nguyễn Công Phượng không góp mặt trong đội hình Trường Tươi Đồng Nai ở trận thắng 4-2 trước Thanh Niên TP.HCM đã làm dấy lên tin đồn về mâu thuẫn giữa anh và HLV Nguyễn Việt Thắng. Tuy nhiên, đại diện CLB đã lên tiếng phủ nhận, khẳng định: “Mọi đồn đoán về bất hòa nội bộ là không có cơ sở.” Lý do thực sự khiến Công Phượng chưa thể ra sân là do chấn thương dây chằng chéo gặp phải trước mùa giải, buộc anh phải điều trị và hồi phục thay vì liên quan đến bất kỳ xung đột cá nhân nào.
HLV Nguyễn Việt Thắng cũng chia sẻ sau trận đấu: “Trận tiếp theo, Công Phượng vẫn chưa chơi được, chưa tập cùng đội. Rất tiếc về trường hợp của Công Phượng.” Ông nhấn mạnh sự thận trọng với quá trình hồi phục của tiền đạo này, đồng thời ghi nhận đóng góp của anh trong giai đoạn chuẩn bị mùa giải mới.
Dù có ý kiến cho rằng phong cách chơi bóng của Công Phượng chưa phù hợp với lối chơi hiện tại của đội, ban huấn luyện khẳng định mọi cầu thủ đều có cơ hội nếu đáp ứng yêu cầu chuyên môn. Sự trở lại của Công Phượng được kỳ vọng sẽ tăng cường sức mạnh tấn công cho Trường Tươi Đồng Nai, đội hiện đang xếp nhì bảng và hướng tới mục tiêu thăng hạng.